Während des Dreißigjährigen Krieges wurde Schweinfurt besetzt und diente den verfeindeten Armeen häufig als Truppenquartier. Zu dieser Zeit bestand die Stadtbefestigung aus 40 Türmen, diese sind heute allerdings, bis auf 3 und einen halben, nicht mehr vorhanden.Durch den Reichsdeputationshauptschluss wurde die Stadt 1803 erstmals und 1814 - in diesem Jahr wurde in Schweinfurt das Schweinfurter Grün erfunden - erneut und damit endgültig bayrisch. Dazwischen, von 1810 bis 1814, gehörte sie zum Großherzogtum Würzburg.
Mit dem Bau der Eisenbahnlinien nach Meiningen und Bad Kissingen im Jahre 1854 wurde Schweinfurt ein Eisenbahnknotenpunkt.
Seit ca. 1890 wird die Entwicklung der Stadt maßgeblich von der Metallindustrie bestimmt. Durch die Industrialisierung hatte Schweinfurt zwischen 1840 (7700 Einwohner) und 1939 (49 000 Einwohner) prozentual (635 %) nach Nürnberg das größte Bevölkerungswachstum aller Städte in Franken.
Mindestens seit dem 19. Jahrhundert waren jüdische Familien in der Stadt ansässig, die eine Jüdische Gemeinde bildeten und sich zwischen dem Roßmarkt und der Brückleinsgasse ihre Synagoge errichteten. Beim Novemberpogrom 1938 wurde das Gotteshaus von SA-Männern verwüstet, danach zweckentfremdet genutzt und schließlich abgerissen. Ein Gedenkstein am ehemaligen Standort, jetzt Parkplatz der Sparkasse, erinnert an die jüdischen Einwohner, die vertrieben oder Opfer der Shoa wurden.